A capacidade dos serviços externos autorizados e a qualidade da sua prestação é avaliada através de auditoria, que incide sobre os requisitos considerados para a concessão da autorização.

A auditoria é realizada pela Autoridade para as Condições do Trabalho e pela Direcção-Geral de Saúde por sua iniciativa ou na sequência das comunicações de alterações

À Autoridade para as Condições do Trabalho compete a realização de auditorias em relação às condições de funcionamento do serviço no domínio da segurança no trabalho, nomeadamente as instalações, o pessoal técnico, o recurso a subcontratação, equipamentos de trabalho na sede e nos estabelecimentos, equipamentos para a avaliação da segurança no trabalho e equipamentos de proteção individual

À Direcção-Geral de Saúde compete a realização de auditorias no que respeita às condições de funcionamento do serviço na área da saúde no trabalho, nomeadamente o efetivo de pessoal técnico, recurso a subcontratação, equipamentos de trabalho na sede e nos estabelecimentos e equipamentos para avaliar as condições de saúde e procedimentos técnicos da promoção e vigilância da saúde.

No âmbito da realização de auditorias, a qualidade dos serviços prestados é aferida pela verificação, nomeadamente, do correto e cabal exercício das atividades principais, que pode ser avaliado, através de controlo documental e em visitas aos locais de trabalho das empresas a quem são prestados os serviços externos de segurança e saúde no trabalho.